La taxonomía del conejo se encuentra muy enrevesada. Originalmente, esta especie fue descrita como Lepus cuniculus, por Linneo en 1758, compartiendo este género con otros lagomorfos como liebres y conejos del género Sylvilagus.
A finales del siglo XVIII, los conejos fueron descritos como Oryctolagus cuniculus por Lilljeborg, aunque entonces era reconocido como un subgénero de Lepus.
Sin embargo, las evidentes diferencias morfológicas entre el conejo europeo y las liebres, permitieron que Oryctolagus fuese declarado como un género diferente.
A través de los estudios morfológicos y sistemáticos, los lagomorfos se han reorganizado en dos familias, que agrupa a las picas o liebres silbadoras y las extintas picas gigantes (Prolagus), dentro de la familia Ochotonidae, y a los conejos y liebres en la familia Leporidae.
En la familia Leporidae se reconocen alrededor de 11 géneros y 60 especies vivas en la actualidad. El género Oryctolagus incluye cinco (5) especies, de las cuales, la única que sobrevive en la actualidad es O. cuniculus; mientras que las especies O. burgi, O. giberti, O. lacosti y O. laynensis se encuentran extintas.
Durante el Pleistoceno tardío, la especie O. cuniculus representó un animal abundante que se distribuyó ampliamente por el Mediterráneo y Europa central. Sin embargo, esta especie se delimitó a su actual área de distribución en la península ibérica y alrededores de Francia, desde el Último Máximo Glacial y el Holoceno temprano.
En la taxonomía del conejo existen dos subespecies reconocidas actualmente:
O. c. algirus: Se encuentra restringida a la península ibérica y algunas islas.
O. c. cuniculus: Se presume como la subespecie que dio origen a las variedades domésticas, y la que se considera como introducida en muchas áreas fuera de su distribución típica.
En consecuencia, la taxonomía del conejo, o clasificación científica, queda definida de la siguiente manera:
Dominio: Eukaryota, organismos formados por células eucariotas (con núcleo).
Reino: Animalia, animales.
Subreino: Eumetazoa, eumetazoos, son animales con presencia de tejidos.
Filo: Chordata, cordados, animales con notocorda.
Subfilo: Vertebrata, vertebrados, estos animales presentan columna vertebral.
Clase: Mammalia, son mamíferos con glándula mamarias para alimentar a la descendencia.
Subclase: Theria, terios, el embrión de la cría se desarrolla en el útero materno y no en un huevo.
Orden: Lagomorpha, lagomorfos.
Familia: Leporidae, lepóridos, liebres y conejos.
Género: Oryctolagus.
Especie: Oryctolagus cuniculus.
Subspecies: Oryctolagus cuniculus algirus y Oryctolagus cuniculus cuniculus.
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